(4731 sayılı Kanunun 6/B maddesiyle değişen fıkra)Yıllık harçlar, her yıl ocak ayının başında yıllık olarak tahakkuk ettirilmiş sayılır. Tahakkuk ettirilen harçlar ayrıca mükellefe tebliğ olunmaz ve ocak ayı içerisinde ödenir.(*)(6322 sayılı kanunun 18.maddesiyle eklenen cümle; Yürürlük 15.06.2012) Denetim kuruluşları yetkilendirme belgesi harçları ise kurumlar vergisi beyannamesi verme süresi içerisinde verilen bildirim üzerine, bağımsız denetim faaliyetlerinden elde edilen gayrisafi iş hasılatı esas alınarak tahakkuk ettirilir, tahakkuk ettirilen harçlar ayrıca mükellefe tebliğ edilmez ve mayıs ayı içerisinde ödenir.
(18.04.2013 tarih ve 28622 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanan 6456 Sayılı Kanunun 16.maddesiyle eklenen fıkra Yürürlük; 01.01.2014) Elektrik üretimi lisans harçları her yıl kurumlar vergisi beyannamesi verme süresi içerisinde verilen bildirim üzerine, elektrik üretim faaliyetlerinden elde edilen gayrisafi iş hasılatı esas alınarak tahakkuk ettirilir, tahakkuk ettirilen harçlar ayrıca mükellefe tebliğ edilmez ve mayıs ayı içerisinde ödenir. Genel bütçe geliri olarak kaydedilen elektrik üretimi lisans harçlarından hidrolik kaynaklara dayalı elektrik üretim lisans harçlarının %90'ı, haziran ayının sonuna kadar, hidrolik kaynaklara dayalı elektrik üretimi yapan tesisin bulunduğu yerin il özel idaresine, il özel idaresi bulunmayan yerlerde büyükşehir belediyesine aktarılır. Hesaplanarak aktarılan bu tutarlar, 2/7/2008 tarihli ve 5779 sayılı İl Özel İdarelerine ve Belediyelere Genel Bütçe Vergi Gelirlerinden Pay Verilmesi Hakkında Kanuna göre belediyelere ve il özel idarelerine ayrılacak payların hesabında matraha dâhil edilmez.
(*) (4731 sayılı Kanunun 6/B maddesiyle değişmeden önceki fıkra)Yıllık harçlar, her mali yılın ilk ayı içinde ödenir.