Gelir İdaresi Başkanlığına yapılan karşılıklı anlaşma usulü başvurusu, başvuruya konu vergi ve cezalar için, başvuru tarihi itibarıyla bu Kanunda yazılı zamanaşımı sürelerini durdurur. Duran zamanaşımı, ek 16 ncı maddenin ikinci fıkrası uyarınca mükellef tarafından anlaşma sonucunun kabul edilmemesi veya kabul edilmemiş sayılması durumunda bu durumların ortaya çıktığı tarihi takip eden günden itibaren kaldığı yerden işlemeye devam eder.
Karşılıklı anlaşma sonucuna göre Türkiye’de düzeltme yapılmasının gerekmesi durumunda, anlaşma sonucu, Kanunun zamanaşımı hükümlerine bakılmaksızın uygulanır. Şu kadar ki, anlaşma sonucunun uygulanması için çifte vergilendirmeyi önleme anlaşmasında bir süre öngörülmüş ise bu süre ile ilgili hükümler saklıdır.
Mükellef, karşılıklı anlaşmanın sonucunu kabul ettiği durumlar hariç olmak üzere, sürecin herhangi bir aşamasında başvurusunu geri çekebilir, bu durumda duran zamanaşımı kaldığı yerden işlemeye devam eder. Mükellefin, başvurusunu geri çektiği durumda, Kanunun diğer hükümleri kapsamındaki başvuru hakları saklıdır.
Karşılıklı anlaşma usulüne başvurulması, tahakkuk eden vergi ve cezaların tahsilatını durdurmaz.
Karşılıklı anlaşma usulü hükümlerinin uygulanmasına ilişkin usul ve esasları belirlemeye Hazine ve Maliye Bakanlığı yetkilidir.