29/5/2009 tarihli ve 5902 sayılı Afet ve Acil Durum Yönetimi Başkanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanunun 18 inci maddesinin üçüncü fıkrası aşağıdaki şekilde değiştirilmiş ve maddeye aşağıdaki fıkralar eklenmiştir.
"(3) İl Afet ve Acil Durum Müdürlüklerinin harcamaları, il özel idarelerinin bütçelerine bu amaçla konulacak ödenekten yapılır. İl özel idareleri, bu harcamaları karşılayacak ödeneği ilgili yıl bütçesinden tefrik etmek zorundadır. Bu şekilde tefrik edilecek ödenek tutarı her halükarda il özel idaresinin ilgili yıl bütçesinin yüzde birinden az olamaz. Müdürlüklerin personel harcamaları ve personel ile ilgili diğer harcamaları Başkanlık bütçesinden karşılanır. İl özel idarelerinin afet ve acil durumlar ile sivil savunmaya ilişkin hizmetler kapsamındaki yatırım projelerinden Başkanlıkça uygun görülenlere Başkanlık bütçesinden belirlenen tutarda yardım yapılabilir. Harcamalarda, İl Özel İdaresi Kanununda il genel meclisi ve il encümenine verilen yetkiler vali tarafından kullanılır."
"(6) Müdürlüklerin il dışı geçici görevlendirmesi valiliklerin yanı sıra ihtiyaç duyulması halinde Başkanlıkça resen de yapılabilir.
(7) Başkanlık faaliyete geçtikten sonra bu Kanun kapsamında valiliklerce tesis edilen iş ve işlemler dolayısıyla açılmış ve açılacak davalar valilikler husumetiyle yürütülür ve bunlar hakkında geçici 1 inci maddenin üçüncü fıkrası hükmü uygulanmaz."