Maliye Bakanlığı; iadeyi mahsuben veya nakden yaptırmaya, inceleme raporuna, yeminli mali müşavir raporuna veya teminata bağlamaya ve iade için aranılacak belgeleri belirlemeye yetkilidir.
Bu yetki; kazanç türlerine, iade şekillerine, geliri elde edenin veya ödemeyi yapanın hukuki statüsüne göre ayrı ayrı kullanılabileceği gibi belli hadler çerçevesinde de kullanılabilir.
Mahsuben iade işlemi, aranan tüm belgelerin tamamlanması koşuluyla, yıllık kurumlar vergisi beyannamesinin verildiği tarih itibarıyla yapılır. İkmalen veya resen yapılan tarhiyatlarda mahsup işlemi, mahsup talebine ilişkin dilekçe ve eklerinin eksiksiz olarak vergi dairesi kayıtlarına girdiği tarih esas alınarak yapılır. Aranan belgelerin tamamlanması aşamasında yapılan tahsilatlar yönünden düzeltme yapılmaz.