Bu kanunda aksine hüküm bulunmayan hallerde harçlar, harca mevzu olan işlemleri yapan daireler tarafından tahsil olunur.
Maliye Bakanlığı lüzum gördüğü takdirde harçları doğrudan doğruya vergi dairelerince tahsil ettirmeye yetkilidir.
(6728 sayılı kanunun 34 üncü maddesiyle eklenen fıkra;Yürürlük 09.08.2016) Bu Kanuna bağlı (1) sayılı tarifenin "C) Ticaret sicili harçları:" başlıklı bölümünde yazılı ticaret sicili işlemlerine ilişkin harçlar, ticaret ve sanayi odaları veya ticaret odaları veyahut ilgili odalar tarafından makbuz karşılığı peşin olarak tahsil edilir. Bu suretle tahsil olunan bir aya ait harçlar şekil, içerik ve muhteviyatı Maliye Bakanlığınca belirlenen bir bildirim ile ticaret sicili müdürlüğünü bünyesinde bulunduran odanın muhtasar yönünden bağlı olduğu vergi dairesine, izleyen ayın on beşinci günü akşamına kadar bildirilip ödenir. Tahsil edilen harçların ilgili vergi dairesine süresinde ödenmemesi durumunda, harç ilgili odadan 21/7/1953 tarihli ve 6183 sayılı Amme Alacaklarının Tahsil Usulü Hakkında Kanun hükümlerine göre takip ve tahsil edilir. Süresinde vergi dairesine beyan edilmeyen tutarlar hakkında 213 sayılı Vergi Usul Kanunu hükümleri uygulanır. İşlemden doğan harçları tamamen almadan işlem yapan ticaret sicili müdürlüğü görevlileri ve ilgili odalar harcın ödenmesinden mükelleflerle birlikte müteselsilen sorumludur.
(7327 sayılı kanunun 10 uncu maddesiyle eklenen fıkra; Yürürlük: 19.06.2021)Bu Kanuna bağlı (4) sayılı tarifenin "I- Tapu işlemleri:" başlıklı bölümünün 13 numaralı fıkrasının (a) bendine göre tahsil edilmesi gereken cins tashihi harcı, ilgili belediyesince yapı kullanma izni harcı ile birlikte makbuz karşılığı peşin olarak tahsil edilir. Bu suretle tahsil olunan harçlar; şekil, içerik ve muhteviyatı Hazine ve Maliye Bakanlığınca belirlenen bir bildirim ile cins tashihi harcının tahsiline yetkili vergi dairesine, tahsil edildiği günün akşamına kadar bildirilip ödenir. Tahsil edilen harçların ilgili vergi dairesine süresinde ödenmemesi durumunda, harç ilgili belediyeden 6183 sayılı Kanun hükümlerine göre takip ve tahsil edilir. Süresinde vergi dairesine beyan edilmeyen tutarlar hakkında 4/1/1961 tarihli ve 213 sayılı Vergi Usul Kanunu hükümleri uygulanır. İşlemden doğan harçları tamamen almadan işlem yapan belediye personeli ve ilgili belediyeler harcın ödenmesinden mükelleflerle birlikte müteselsilen sorumludur.