Mahsubu gereken miktar beyanname üzerinden hesaplanan Kurumlar Vergisi'nden fazla olduğu takdirde, keyfiyet vergi dairesince mükellefe yazı ile bildirilir. Aradaki fark mükellefin işbu yazıyı tebellüğ tarihinden itibaren bir yıl içinde müracatı halinde kendisine iade olunur. Bir yıl içinde müracaat etmeyen mükelleflerin bu farktan doğan alacakları düşer.
(5035 Sayılı Kanunun 17 inci maddesiyle eklenen fıkra;Geçerlilik;01.01.2004, Yürürlük:02.01.2004)Maliye Bakanlığı; iadeyi mahsuben veya nakden yaptırmaya, inceleme raporuna, yeminli mali müşavir raporuna veya teminata bağlamaya ve iade için aranılacak belgeleri belirlemeye yetkilidir.
(5035 Sayılı Kanunun 17 inci maddesiyle eklenen fıkra;Geçerlilik;01.01.2004, Yürürlük:02.01.2004)Bu yetki; kazanç türlerine, iade şekillerine, geliri elde edenin veya ödemeyi yapanın hukuki statüsüne göre ayrı ayrı kullanılabileceği gibi belli hadler çerçevesinde de kullanılabilir.
(5035 Sayılı Kanunun 17 inci maddesiyle eklenen fıkra;Geçerlilik;01.01.2004, Yürürlük:02.01.2004)Mahsuben iade işlemi, aranan tüm belgelerin tamamlanması koşuluyla, yıllık kurumlar vergisi beyannamesinin verildiği tarih itibarıyla yapılır. İkmalen veya resen yapılan tarhiyatlarda mahsup işlemi, mahsup talebine ilişkin dilekçe ve eklerinin eksiksiz olarak vergi dairesi kayıtlarına girdiği tarih esas alınarak yapılır. Aranan belgelerin tamamlanması aşamasında yapılan tahsilatlar yönünden düzeltme yapılmaz.