(5786 sayılı Kanunun 12'inci maddesi ile değişen şekli, Yürürlük: 26.07.2008) Birlik Yönetim Kurulu, kayıtlı olduğu meslek odasında en az üç yıl kıdemli olup serbest veya bir işyerine bağlı olarak bu Kanun hükümlerine göre fiilen mesleki faaliyette bulunan Birlik Genel Kurulu üyeleri arasından üç yıl için seçilen dokuz asıl ve dokuz yedek üyeden oluşur. Yönetim Kurulu üyelerinden beşinin yeminli mali müşavir olması zorunludur. Üst üste iki seçim döneminde iki defa Birlik Yönetim Kurulu başkanlığına seçilmiş olanlar, aradan iki seçim dönemi geçmedikçe Yönetim Kurulu üyeliğine seçilemezler. (*)
(5786 sayılı Kanunun 19'uncu maddesi ile değişen şekli, Yürürlük: 26.07.2008) Birlik Yönetim Kurulu Başkan ve üyeleri, Kanunun seçilmeye ilişkin hükümleri saklı kalmak kaydıyla (**) Genel Kurul toplantılarına katılma ve oy kullanma hakkına sahiptirler.
Yönetim Kurulu kendi üyeleri arasından bir başkan, bir genel sekreter ile bir muhasip seçer. Yönetim Kurulu Başkanı (5786 sayılı Kanunun 19'uncu maddesi ile değişen şekli, Yürürlük: 26.07.2008) en az beş yıl süreyle yeminli mali müşavirlik yapmış olanlar (***) arasından seçilir. Başkanın bulunmadığı hallerde Başkanın tevkil edeceği kişi Başkanlık yapar.
Birliğin hukukî temsilcisi Yönetim Kurulu Başkanıdır.
Yönetim Kurulu asıl üyeleri arasında boşalma olursa yedeklerden sırasıyla en fazla oy alanlar getirilir. Yeni üye ilk toplantıya çağrılır.
(*) (5786 sayılı Kanunun 12'nci maddesi ile değişmeden önceki şekli) Birlik Yönetim Kurulu, Birlik Genel Kurulu üyeleri arasından iki yıl için seçilen dokuz asıl ve dokuz yedek üyeden kurulur. Yönetim Kurulu üyelerinden beşinin yeminli mali müşavir olması zorunludur. Üyeler arasında yönetim kuruluna seçilecek yeminli mali müşavir yoksa, onlara ait noksan serbest muhasebeci mali müşavirden tamamlanır.
(**) (5786 sayılı Kanunun 19'uncu maddesi ile değişmeden önceki şekli) Yönetim Kurulu Başkanı ve üyeleri,
(***) (5786 sayılı Kanunun 19'uncu maddesi ile değişmeden önceki şekli) yeminli mali müşavirler